Natsu y su equipo se embarcan en una misión para capturar a Geese, el líder de un grupo de bandidos, pero cuando parece que ya tienen la recompensa en el bote, un error de Lucy lo echa todo por tierra. En plena depresión, Lucy se cruza por casualidad con una misteriosa joven llamada Eclair, que deambula sin rumbo acompañada por un extraño pájaro llamado Momon. La muchacha sufre amnesia y lo único que recuerda es que debe entrega la Piedra del Fénix que lleva con ella en algún lugar. Lucy y el equipo más fuerte de Fairy Tail se ofrecen voluntarios para ayudar a Eclair, quien odia la magia, a resolver el misterio de la Piedra del Fénix. Pero este encuentro casual marca el comienzo de un siniestro complot y la aparición de una amenaza sin precedentes…