Tras seguir a un ninja fugitivo, Naruto viaja al pasado de la ciudad de Loulan, donde encuentra a la joven reina Saara y al futuro Cuarto Hokage, Minato. Naruto, Sakura, Sai y Yamato persiguen al ninja fugitivo Mukade hasta las ruinas de Loulan, donde busca hacerse con el Ryumyaku, un antiguo canal de chakra subterráneo. Naruto la sigue hasta las profundidades, pero queda atrapado por la energía del Ryumyaku liberado por Mukade y pierde el conocimiento. Cuando Naruto despierta, lo hace en el pasado, en una Loulan en pleno apogeo con sus mil torres que se elevan hasta el cielo. Allí Naruto encuentra a la joven reina Saara, amada por el pueblo, al futuro Cuarto Hokage, Minato Namikaze, embarcado en una misión súper secreta, y al misterioso canciller Anrokuzan, del que se rumorea que está construyendo aterradoras armas. Pronto Naruto y sus amigos se verán abocados a una batalla mortal contra un ejército de marionetas.