Madoka Kaname es una adolescente de 14 años que disfruta de una vida normal y corriente rodeada por una familia y amigos que la quieren. Un dia, ella y su amiga Sayaka Miki tienen un encuentro con una extraña criatura mágica que les concede un deseo a cada una de ellas. A cambio deberán convertirse en Puella Magi y usar sus poderes para combatir a las entidades conocidas como brujas, que actúan como catalizadores de la desesperación abocando a la gente a cometer asesinatos y a suicidarse.