En el año 2012, el mundo llegó a su fin a causa de un letal virus de origen humano, el cual aniquiló a casi toda la especie humana con la excepción de los niños menores de trece años. Al mismo tiempo, los vampiros emergieron de las profundidades de la tierra y se establecieron como la raza dominante. Estos ofrecen seguridad a los supervivientes a cambio de subsistir mutuamente ofreciéndose como ganado, es decir, donar sangre voluntariamente. Cuatro años después de estos sucesos, Yu Hyakuya y su amigo Mikaela planean escapar del dominio de los vampiros junto a los otros niños del Orfanato Hyakuya.