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La historia se centra en una misteriosa chica llamada Éclair, que hace acto de presencia ante los miembros del gremio de magos Fairy Tail. La joven, amnésica, tiene como único recuerdo la tarea de entregar las dos Piedras del Fénix en algún sitio. Dichas piedras pueden acabar con el mundo de la magia, por lo que Natsu, Lucy y sus compañeros deberán evitar semejante tragedia.
El mundo Entero esta siendo dominado por una enfermedad mortal, esto convierte a los humanos en zombies. En Japón muchos estudiantes de la preparatoria Fujimi, y la enfermera de la escuela, estarán juntos tratando de sobrevivir al presente Apocalipsis. La historia se centra en Takashi Komuro, uno de los estudiantes que ha sobrevivido a esta grave enfermedad.